Abstrak Segment Ruas Berulang Pada Derah Kontrol (d-loop) DNA Mitokondria Ikan Belida (Chitala lopis)

Chapter 2014 with 521 download times

Authors

,Arif Wibowo,Subagdja,

Ikan belida (Chitala lopis) merupakan ikan air tawar yang secara komersial di perdagangan secara luas di Sumatera dan metode budidaya dalam bentuk penangkaran dan pemuliaan ikan ini mulai dikembangkan. Oleh karena itu, dirasa sangat penting untuk mendokumentasikan struktur genetik spesies di alam untuk mendukung upaya pemuliaan. Dalam studi ini kami menganalisis variasi sekuens pada daerah kontrol mtDNA  dari  48  ikan  belida.  Tujuannya  adalah  untuk  mengungkapkan  polimorpisme  alami  dalam kaitannya untuk menyediakan dasar bagi penggunaan bagian daerah kontrol untuk studi lanjutan keragaman pada level populasi. Pengambilan sampel ikan dilakukan sepanjang tahun 2009 dan 2010 di Sungai Kampar dan lokasi pembanding. Ikan sampel diambil secara acak dengan jumlah sampel berkisar antara 1 sampai 11 specimen setiap lokasi. Setiap specimen yang terpilih, dilakukan koleksi darah atau sebagian otot, diawetkan dalam alkohol absolut 99% untuk kemudian dibawa ke laboratorium untuk dilakukan ekstraksi dan isolasi, amplifikasi dan pengurutan mtDNA. Untuk mengeksplorasi hipotesis, pola ulangan  dianalisis  berdasarkan pengamatan yang  hati-hati  pola  ulangan  pada  kelompok  sekuense daerah  kontrol  MtDNA  ikan  belida  yang  sudah disejajarkan. Analisis  daerah  kontrol  pada  DNA mitokondria dari 48 urutan sekuen DNA dua arah ikan belida (768 pb) mengungkapkan terdapat segmen ruas berulang pada posisi 177–457 bp yang memiliki panjang 35 pb motif sekuens dan adanya 2 pb penyisipan/penghapusan (indel).  keragaman  sekuens  ini  mengungkapkan  adanya  struktur  genetika diantara populasi ikan belida yang diamati dengan rata-rata perbedaan sekuens berpasangan adalah 0.1% dalam 629 pb.

Kata kunci : Belida, Ruang kontrol, ruas berulang