Abstrak Barcoding Ikan Belida (Chitala lopis) Berdasarkan Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) DNA Mitokodria

Chapter 2014 with 1053 download times

Authors

,Arif Wibowo,

Informasi genetik sangat bermanfaat bagi manajemen perikanan berkelanjutan, terutama untuk ikan langka yang populasinya menurun drastis seperti ikan belida. Barkoding atau penanda genetik spesifik ikan tidak hanya memberikan manfaat terkait dengan identifikasi taksonomi dan asal lokasi ikan namun juga karakterisasi ragam genetik yang diperlukan dalam upaya konservasi dan domestikasi. Penelitian ini dilakukan menggunakan penanda genetik (COI) bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Chitala lopis dan  menggambarkan variasi  genetik  dari  populasi  C.  lopis  di  sungai  yang  berbeda  di  Indonesia. Penelitian dilakukan tahun  2006-2009 di  Sungai Kampar, Riau; Sungai Indragiri Hilir, Riau; Sungai Mahakam, Kalimantan Timur; Sungai Musi, Sumatera Selatan dan Sungai Penyak, Bangka. Contoh diambil secara acak, jaringan otot ikan belida dari masing-masing spesimen dikoleksi dan diekstraksi menggunakan “Geneaid DNA ekstraksi kit”. Bagian gen mtDNA yang digunakan adalah gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI). Analisis penanda genetik, keragaman genetik dan hubungan kekerabatan ikan belida dalam famili Notophteridae berdasarkan runutan 602 nukleotida dari 12 sekuen dua arah ikan belida dan 7 sekuen pembanding dari Genbank menggunakan program MEGA versi 4.0 dengan metode bootstrapped Neighbor Joining dengan 1000 kali pengulangan. Hasil penelitian menunjukkan Gen COI mtDNA mampu dijadikan sebagai penanda genetik untuk mengidentifikasi ikan belida, sampel diklasifikasikan sebagai ikan belida jika memiliki intraspesifik variasi kurang dari 3%. Untuk C. lopis yang berasal dari Indonesia secara spesifik memiliki penanda genetik Guanin (G) pada posisi basa nukleotida ke-6176 dalam untai lengkap mtDNA. Paling tidak ada 13 situs bervariasi pada kelompok ikan belida berdasarkan gen COI mtDNA.

Kata kunci : barkoding, belida, COI, mtDNA