1. 1969-1976; bernama Lembaga Penelitian Perikanan Darat (LPPD) Cabang Palembang, bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Perikanan, Departemen Pertanian, berkantor di Jl. Anwar Sastro Palembang.

LPPD ditetapkan berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 332/Kpts/Org/9/1969 per tanggal 2 September 1969. Bertugas melaksanakan penelitian, pengembangan serta memberikan bantuan teknis ilmiah mengenai biologi dan limnologi serta pengelolaan perairan umum dan cagar alam.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, lembaga ini didukung oleh sejumlah cabang dan stasiun penelitian yaitu 1. Cabang Palembang, 2. Cabang Makasar, 3. Cabang Jatiluhur. Direktur Lembaga ini adalah Rustami Ajajodiredja (1964-1980).

Sumber : Profil Pembangunan Pertanian Menjelang 100 Tahun, Departemen Pertanian, 2002.

2.1976-1983; masih bernama Lembaga Penelitian Perikanan Darat Cabang Palembang namun bertanggung jawab kepada Kepala  Lembaga Penelitian Perikanan Darat Bogor, dan mulai berkantor di Jl. Beringin no. 308 Mariana Palembang.

3.1983-1985; berubah nama menjadi Sub Balai Penelitian Perikanan Darat (SBPD) Palembang dan bertanggung jawab kepada Kepala Lembaga Penelitian Perikanan Darat Bogor.

4.1985-1994; berubah nama menjadi Sub Balai Penelitian Perikanan Air Tawar (SBPPAT) Palembang dan bertanggung jawab kepada Kepala Balai Penelitian Perikanan Darat Bogor.

5.1994-2001; berubah nama menjadi Loka Penelitian Perikanan Air Tawar (Lolitkanwar) dan bertanggung jawab kepada Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Perikanan, Badan Litbang Pertanian; sesuai dengan DECREE. Menteri Pertanian No. 797/Kpts/OT.210/12/1994.

6.2001-2002; berubah nama menjadi Balai Riset Perikanan Perairan Umum (BRPPU) dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Riset Kelautan dan Perikanan; sesuai dengan SK Menteri Kelautan dan Perikanan No. KEP.26B/MEN/2001.

7. 2002 - 2011; bernama Balai Riset Perikanan Perairan Umum namun bertanggung jawab kepada Kepala Pusat Riset Perikanan Tangkap dan secara umum dibina oleh Kepala Badan Riset Kelautan Dan Perikanan; sesuai dengan SK Menteri Kelautan dan Perikanan No: KEP. 53/MEN/2002, tanggal 18 Nop. 2002.

8. September 2011 - 26 Maret 2017; berubah nama menjadi Balai Penelitian Perikanan Perairan Umum (BP3U) dan bertanggung jawab kepada Badan Penelitian dan Pengembangan Kelautan dan Perikanan; sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan R.I No. PER.29/MEN/2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Perikanan Perairan Umum.

9. 27 Maret 2017 - Sekarang; berubah nama menjadi Balai Riset Perikanan Perairan Umum dan Penyuluhan Perikanan (BRPPUPP) dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Riset Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan; sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan R.I No. 24/PERMEN-KP/2017 tentang ORGANISASI DAN TATA KERJA BALAI RISET PERIKANAN PERAIRAN UMUM DAN PENYULUHAN PERIKANAN.

10. Perubahan Struktur Organisasi sesuai dengan PERMEN KP Nomor 73/PERMEN-KP/2020 tentang ORGANISASI DAN TATA KERJA BALAI RISET PERIKANAN PERAIRAN UMUM DAN PENYULUHAN PERIKANAN